27 декабря 1990 года в северной столице был создан  учебный центр для подготовки руководящих работников, который к исходу первого пятилетия своего существования обрел статус высшего учебного заведения с названием «Институт управления и экономики». В июле 2005 года институту присвоен статус Академии, а в марте 2011 года – Университета.

Возглавляет Университет доктор экономических наук, профессор, академик РАЕН Гневко Виктор Андреевич.

С 1997 года началась активная работа по созданию филиалов в различных регионах России - от Калининграда до Дальнего Востока.

Мурманский филиал, один из старейших филиалов, ведет свою образовательную деятельность с 23 апреля 1997 года. Решением Ученого Совета Академии в 2005 году филиал был преобразован в Мурманский институт экономики.

В ноябре 2007 года Мурманский институт экономики успешно прошел процедуру государственной аккредитации. В декабре 2010 года институт получил Сертификат соответствия требованиям ГОСТ Р ИСО 9001-2008 (ИСО 9001:2008).

С октября 2010 года директором Мурманского института экономики назначен кандидат педагогических наук, доцент Утков Павел Юрьевич.